擔保合同糾紛能申請仲裁。當事人可以自行協議約定管轄機構和仲裁事項，發生擔保合同糾紛時當事人不愿和解、調解或者和解、調解不成的，可以根據合同約定向仲裁機構申請仲裁。

《仲裁法》第四條當事人采用仲裁方式解決糾紛，應當雙方自愿，達成仲裁協議。沒有仲裁協議，一方申請仲裁的，仲裁委員會不予受理。第十條仲裁委員會可以在直轄市和省、自治區人民政府所在地的市設立，也可以根據需要在其他設區的市設立，不按行政區劃層層設立。仲裁委員會由前款規定的市的人民政府組織有關部門和商會統一組建。設立仲裁委員會，應當經省、自治區、直轄市的司法行政部門登記。