關于因檔案問題被單位克扣工資合法嗎的問題,本站律師從法律角度分析如下：

因檔案問題被單位克扣工資是不合法的。工資應當以貨幣形式按月支付給勞動者本人。不得克扣或者無故拖欠勞動者的工資。用人單位克扣勞動者工資的，勞動者可以去當地勞動監察大隊投訴，或者去勞動爭議仲裁部門申請仲裁。

法律依據：

《勞動合同法》第八十五條第一項

用人單位未按照勞動合同的約定或者國家規定及時足額支付勞動者勞動報酬的，由勞動行政部門責令限期支付勞動報酬、加班費或者經濟補償；勞動報酬低于當地最低工資標準的，應當支付其差額部分；逾期不支付的，責令用人單位按應付金額百分之五十以上百分之一百以下的標準向勞動者加付賠償金。

補充法律分析：

通常情況下，如果對工資問題有異議，有以下維權方式，首先是雙方協商，協商不成可以申請勞動仲裁，對勞動仲裁結果不滿意可以提起民事訴訟。如果用人單位惡意拖欠勞動者工資，可以撥打12333維權。
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