勞動仲裁可以由公司扣除，但需要證據。遇到勞動問題可申請仲裁，申請勞動仲裁流程：1、勞動者應當自權益受損之日起一年內向當地勞動仲裁委員會提交勞動仲裁申請；2、仲裁委員會在五日內審理并答復申請人的仲裁申請；3、仲裁庭由三名仲裁員組成，在查明事實的基礎上作出仲裁裁決。當事人確認用人單位沒有違反規章制度，或者勞動者給用人單位造成損失的，用人單位要求勞動者承擔責任，扣除的工資超過當事人月工資的20%，屬于用人單位扣除的工資，當事人可以申請終止勞動合同和勞動關系，并要求經濟補償。當事人可以向當地勞動監察行政部門報告或者申請勞動仲裁。

申請勞動仲裁：1、到當地人力資源和社會保障局勞動爭議仲裁委員會申請勞動仲裁時，應攜帶：仲裁申請2份，申請人身份證復印件1份；相關證據復印件和證據清單2份；用人單位的工商登記信息。2、提交材料后，仲裁委員會應在5個工作日內立案，然后給予雙方舉證期和答辯期；然后開庭審理，然后對雙方進行調解。調解不成的，仲裁委員會應當下達裁決；勞動仲裁一般在60天內結案；對裁決不滿意的，勞動者可以在收到裁決后15天內向法院起訴。

勞動仲裁流程：

1、提交申請：當事人申請仲裁時，應當提交書面仲裁申請，并根據申請人數提交副本。

（1）工人的姓名、性別、年齡、工作單位和住所；用人單位的姓名、住所、法定代表人或主要負責人的姓名和職位；

(二)仲裁請求及所依據的事實和理由；

(3)證據及證據來源、證人姓名及住所；

(4)仲裁申請日期。

2、仲裁受理：仲裁委員會應當自收到仲裁申請之日起五日內作出受理或者不受理的決定。

3、開庭審理：仲裁庭應在開庭前五天書面通知雙方開庭日期和地點。無正當理由拒絕出庭或者未經仲裁庭同意離開法庭的，申請人可以撤回訴訟，對被申請人作出缺席裁決。

4、仲裁調解：仲裁庭應當在查明事實的基礎上，先調解勞動爭議，鼓勵雙方自愿達成協議。

5、仲裁裁決：仲裁庭裁決勞動爭議案件，自勞動仲裁委員會受理仲裁申請之日起45日內結束。

勞動爭議仲裁案件管轄管轄勞動爭議仲裁案件

1、勞動爭議由勞動合同履行地或者用人單位所在地的勞動爭議仲裁委員會管轄。

2、雙方分別向勞動合同履行地和用人單位所在地的勞動爭議仲裁委員會申請仲裁的，由勞動爭議仲裁委員會管轄。

勞動仲裁申請應當提交下列材料：

1、仲裁申請。申訴人應當按照規定如實、準確地填寫仲裁申請，仲裁申請一式三份，其中兩份由申訴人本人或者其委托代理人提交仲裁委員會，一份由申訴人保留；

2、身份證明。申訴人為勞動者的，應當提交身份證明原件和復印件：申訴人為用人單位、營業執照復印件、法定代表人身份證明、委托代理人身份證明、授權委托書等；

3、能夠證明與被告人有勞動關系的有關材料，如勞動合同（雇傭合同或協議）、合同通知書終止或終止，工資單(條)、社會保險繳費證明等材料及復印件；

4、申訴人申請勞動仲裁時，仲裁委員會要求申訴人提交能夠證明被告身份的有關材料。被告為用人單位的，應當提交工商登記證明（包括單位名稱、法定代表人、住所、經營場所等）；被告為勞動者的，應當提交戶口所在地、現居住地址、聯系電話等。

法律依據：

《中華人民共和國勞動爭議調解仲裁法》

第五條【勞動爭議處理的基本程序】發生勞動爭議，當事人不愿協商、協商不成或者達成和解協議后不履行的，可以向調解組織申請調解；不愿調解、調解不成或者達成調解協議后不履行的，可以向勞動爭議仲裁委員會申請仲裁；對仲裁裁決不服的，除本法另有規定的外，可以向人民法院提起訴訟。

第二條中華人民共和國境內的用人單位與勞動者發生的下列勞動爭議，適用本法：

（一）因確認勞動關系發生的爭議；

（二）因訂立、履行、變更、解除和終止勞動合同發生的爭議；

（三）因除名、辭退和辭職、離職發生的爭議；

（四）因工作時間、休息休假、社會保險、福利、培訓以及勞動保護發生的爭議；

（五）因勞動報酬、工傷醫療費、經濟補償或者賠償金等發生的爭議；

（六）法律、法規規定的其他勞動爭議。