毀壞水利設施的立案標準是：造成公私財物損失五千元以上的；毀壞公私財物三次以上的；糾集三人以上公然毀壞公私財物的；其他情節嚴重的情形。存在前述情形的，構成故意毀壞財物罪。

《最高人民檢察院、公安部關于公安機關管轄的刑事案件立案追訴標準的規定（一）》第三十三條故意毀壞公私財物，涉嫌下列情形之一的，應予立案追訴：（一）造成公私財物損失五千元以上的；（二）毀壞公私財物三次以上的；（三）糾集三人以上公然毀壞公私財物的；（四）其他情節嚴重的情形。《刑法》第二百七十五條故意毀壞公私財物，數額較大或者有其他嚴重情節的，處三年以下有期徒刑、拘役或者罰金；數額巨大或者有其他特別嚴重情節的，處三年以上七年以下有期徒刑。