擅自發行企業債券罪的立案標準是：發行數額在五十萬元以上的；雖未達到上述數額標準，但擅自發行致使三十人以上的投資者購買了股票或者公司、企業債券的；不能及時清償或者清退的；以及其他后果嚴重或者有其他情節嚴重的情形。

《刑法》第一百七十九條未經國家有關主管部門批準，擅自發行股票或者公司、企業債券，數額巨大、后果嚴重或者有其他嚴重情節的，處五年以下有期徒刑或者拘役，并處或者單處非法募集資金金額百分之一以上百分之五以下罰金。單位犯前款罪的，對單位判處罰金，并對其直接負責的主管人員和其他直接責任人員，處五年以下有期徒刑或者拘役。