可以推定醫療機構在侵權行為中有過錯的情形包括有：患者在診療活動中受到損害，系醫療機構或其醫療人員違反法律、有關診療規范的規定，隱匿、拒絕提供、遺失、偽造、篡改與糾紛有關的病歷資料等行為所致，應當推定醫療機構有過錯。

《中華人民共和國民法典》第一千二百二十二條患者在診療活動中受到損害，有下列情形之一的，推定醫療機構有過錯：（一）違反法律、行政法規、規章以及其他有關診療規范的規定；（二）隱匿或者拒絕提供與糾紛有關的病歷資料；（三）遺失、偽造、篡改或者違法銷毀病歷資料。第一千二百一十八條患者在診療活動中受到損害，醫療機構或者其醫務人員有過錯的，由醫療機構承擔賠償責任。