員工故意損害公司利益的賠償方式為：按照勞動(dòng)合同的約定要求其賠償經(jīng)濟(jì)損失。經(jīng)濟(jì)損失的賠償，可從勞動(dòng)者本人的工資中扣除。但每月扣除的部分不得超過(guò)勞動(dòng)者當(dāng)月工資的20%。若扣除后的剩余工資部分低于當(dāng)?shù)卦伦畹凸べY標(biāo)準(zhǔn)，則按最低工資標(biāo)準(zhǔn)支付。

《工資支付暫行規(guī)定》第十六條因勞動(dòng)者本人原因給用人單位造成經(jīng)濟(jì)損失的，用人單位可按照勞動(dòng)合同的約定要求其賠償經(jīng)濟(jì)損失。經(jīng)濟(jì)損失的賠償，可從勞動(dòng)者本人的工資中扣除。但每月扣除的部分不得超過(guò)勞動(dòng)者當(dāng)月工資的20%。若扣除后的剩余工資部分低于當(dāng)?shù)卦伦畹凸べY標(biāo)準(zhǔn)，則按最低工資標(biāo)準(zhǔn)支付。第十七條用人單位應(yīng)根據(jù)本規(guī)定，通過(guò)與職工大會(huì)、職工代表大會(huì)或者其他形式協(xié)商制定內(nèi)部的工資支付制度，并告知本單位全體勞動(dòng)者，同時(shí)抄報(bào)當(dāng)?shù)貏趧?dòng)行政部門備案。